明治41年3月、京都大学和辻春次教授によって『耳鼻咽喉科京都臨床』の刊行がはじめられた。これは当時の門下生の会であった三曜会の機関誌であり、原著抄記、雑纂、抄録などの記事を収めたものであった。

大正14年11月、同誌は第18巻で発展的解消を遂げ、第19巻からは星野貞次教授によって現在の『耳鼻咽喉科臨床』に改題され、年４回発行されるようになった。同時に学会名も『耳鼻咽喉科臨床会』とし、同窓会から独立し、会員を全国から募った。

大正15年11月には、第１回耳鼻咽喉科臨床会総会および学術講演会が開催された。

その後、第二次世界大戦中は、総会および学術講演会の開催、機関誌の発行中止のやむなきに至ったが、戦後昭和22年、後藤光治教授により本誌が復刊され、 昭和25年には現在の年12号、毎月発刊の形になった。一方、学術講演会も昭和32年11月に再開され、昭和40年～46年までは年２回、昭和47年以後 は年１回、総会および学術講演会が開催されて現在に至っている。

昭和60年7月、時代の変化に則して会則を改正し、学会名も『耳鼻咽喉科臨床学会』と改められた。